Το Τμήμα Εκπαιδευτικών Προγραμμάτων του Μουσείου Μπενάκη ξεκίνησε τις δραστηριότητές του το 1978, οργανώνοντας για πρώτη φορά στην Ελλάδα προγράμματα για παιδιά στους χώρους του Μουσείου. Οι εκπαιδευτικές δραστηριότητες έκτοτε απευθύνονται σε σχολικές ομάδες όλων των τάξεων και πραγματοποιούνται στην Προϊστορική, Αρχαία Ελληνική και Ρωμαϊκή Συλλογή, τη Βυζαντινή και Μεταβυζαντινή, τη Νεοελληνική, στη Συλλογή Ιστορικών Κειμηλίων και τη Συλλογή Ζωγραφικής, Σχεδίων και Χαρακτικών Με οπτικοακουστικά μέσα και ειδικά σχεδιασμένα έντυπα, παιδιά 4 -17 χρονών γνωρίζουν τον ελληνικό πολιτισμό και τη σύγχρονη τέχνη, ενώ ταυτόχρονα μυούνται στο μουσειακό χώρο. Μουσειοπαιδαγωγοί ζωντανεύουν τα εκθέματα, παρακινώντας τα παιδιά να παρατηρήσουν, να προβληματιστούν, να εκφραστούν και να αυτενεργήσουν. Κατάλληλα σχεδιασμένα προγράμματα απευθύνονται και σε άτομα με ειδικές ανάγκες.
Το Τμήμα βρίσκεται σε στενή επαφή με τους εκπαιδευτικούς. Αποστέλλει δανειστικό υλικό για την προετοιμασία πριν από την επίσκεψη και διοργανώνει ειδικές εκπαιδευτικές ξεναγήσεις που επιτρέπουν στους εκπαιδευτικούς να παρουσιάσουν οι ίδιοι το μουσείο στην ομάδα τους. Παράλληλα δανείζει σχετικές εκδόσεις και μουσειοσκευές.
Επίσης, με την κατάλληλη υποστήριξη υλικού από το Τμήμα, επισκέπτες από σχολεία και εκπαιδευτικούς φορείς μπορούν να γνωρίσουν και μόνοι τους τις μόνιμες και προσωρινές εκθέσεις του Μουσείου.
Για μεμονωμένα παιδιά οργανώνει εργαστήρια, εκδίδει βιβλία και παιχνίδια, ενώ για ενηλίκους λειτουργούν κύκλοι μαθημάτων με τη μορφή εργαστηρίων, στα οποία αναβιώνουν παραδοσιακές τεχνικές που τείνουν να εκλείψουν. Η δραστηριότητα του Τμήματος επεκτείνεται και εκτός Μουσείου. Σε συνεργασία με σχετικούς φορείς σχεδιάζονται προγράμματα σε άλλα μουσεία, σε πόλεις και χωριά της Ελλάδας, όπως στην περίπτωση του προγράμματος «Μελίνα».